本发明提供一种耦合咸水层强制对流井式土壤源热泵系统及运行方法，该热泵系统组成热泵机组用户侧供热、供冷循环回路，热泵机组地源侧供热、供冷循环回路及咸水层抽、灌井强制对流循环回路，通过运行方法实现多种运行模式。本发明效果是加大地埋管换热强度，避免埋管换热器“热短路”、“热干扰”现象的发生，解决环渤海低平原区建筑负荷季节性比例失调引起的土壤热失衡问题。在咸水循环系统中增加换热器，与地埋管中循环溶液换热，在加强埋管地下换热的同时有效调节建筑负荷高峰。开拓了土壤源热泵系统作为浅层地热能在绿色建筑提升、改造中的应用领域，进而降低建筑的能源供应与二氧化碳减排量。